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原子弹爆炸后的次日，中美英三国发出联合通告，严正发出日本无条件投降的檄文，其立场比任何时候都严厉。日本拒绝投降。
就在日本政府拒绝投降两天后，即4月20日早7时，美军位于朝鲜半岛釜山机场的b29轰炸机再次出动。鉴于日本本土空军力量损失殆尽，因此这次出动美军没有兴师动众，只有5架飞机跃上天空。除了搭载原子弹的b29轰炸机外，出动了两架气象侦察机，一架科学记录机，一架专门摄影的飞机，目标锁定九州岛长崎。
对于广岛的巨大损失，日本人似乎有些麻木，依然没有在麻木中清醒过来。日本人判断拒绝投降后，美国人会再次使用原子弹，，目标肯定是大城市，因此日本人加强防空力量，把有限的空军部队全部集中到东京、大板等大城市周围防备。同时日本人征调大量高炮部队，布防在大都市周围。
可是美国人是不会按照常理出牌的，把目标锁定在长崎，目的就是摧毁日本人的抵抗意志。由于长崎人口不多又是山区，因此美国人要检验一下原子弹在复杂地区起爆后的效果。眼下日本人已经对大城市人口开始紧急疏散，做了相应的准备。可是对于长崎这样小的县城，日本人根本不重视，没有任何防备。另外日本人严密封锁广岛消息，防止更多的人知道真相。
这次美国人采用第二次核打击，原子弹的名称叫胖子。何为胖子？因为它的形状和第一颗投掷的原子弹在外观上有明显区别。而区别最大的是核元素不同，起爆方式也不同。小男孩采用的核原料是铀235，起爆方式采用的是枪式起爆。
铀235号称核火种，核火种意味着其内部蕴含着威力更大的元素。哪嘛裂变威力更大的环239便出自铀235之中。通过石墨反应堆，环239可以利用化学方法提炼出来。而采用内爆方式，就是让核原料裂变的效率更高，而且是在核原料数量减少的情况下达到最大的爆炸威力。
事后证明，胖子的爆炸威力，和铀235同等情况下，达到2200吨梯恩梯当量，胖子爆炸威力是小男孩的倍。由于长崎是山区，起爆点又偏离市中心，因此长崎投掷的原子弹尽管爆炸威力猛烈，人员伤亡要小于广岛。
美军b29轰炸机越过朝鲜海峡后直飞九州岛，日军的岸上雷达捕捉到目标，但是很快失去踪影。日本人惊慌失措的时候，飞机直接奔向长崎。担任这次轰炸任务的b29轰炸机绰号叫大货柜，指挥官是斯维尼少校。
除了10名机组成员外，还有雷达监视员杰伊克中尉。负责原子弹方面的是费雷德海军少校，菲克中尉和另外三名军官。这次出动的科学记录飞机叫大艺术家，摄影飞机叫大毒刺，名字起的很有艺术性。这两架飞机也是b29改装的。
8点20分，飞机到达长崎上空。在7点半的时候，长崎上空还是晴天，可是现在云雾开始慢慢积累，浓见度下降。百分之80到百分之90的积云覆盖了1800米到2400米高空。斯维尼少校命令采用雷达锁定目标，接近长崎市中心搜索目标。
可是雷达迟迟无法锁定目标，斯维尼果断命令采用目视锁定。“我们看到街道了，发现攻击目标！”瞄准手大声喊道。当时飞机是9000米高空，而长崎没有任何地面炮火。斯维尼命令手动操纵投弹。随即胖子被投下。
原子弹按照遐想的抛物线落下，飞行1分钟后，在距离市中心大约3000米的别墅网球场，距离地面上空500米处爆炸。按照原定目标偏离了方向，原定目标是市中心的中岛川常盘桥。目标偏离方向，同时意味着伤亡减少。
大货柜投完弹后，立即大幅度转身俯冲逃离核爆区域。投弹和爆炸的一瞬间，测量机大艺术家立即利用降落伞投掷了三个测量气压、气温等同的无线电高空测侯器。这些无线电测侯器在原子弹爆炸之后，向东飘移，三个测量器距离爆炸中心，最远地点13公里、最近地点11公里降落地面。
测量器不仅把数据传输回来，他还有另外的功能。那就是测量器内部有广岛核爆炸的完整数据和一封信。这些收藏的数据和信，是美国物理学家阿尔瓦雷茨，送给旧友日本东京帝国大学物理学家嵯峨根辽吉的信。鉴于是同僚对于原子弹巨大的破坏力，让这位旧友游说日本政府投降。
原子弹爆炸的过程，这次美国人有了经验并作精心准备。摄影飞机大毒刺拍摄了从爆炸到形成蘑菇云的完整画面。长达4分钟的彩色画面，栩栩如生的刻画出了唯一描绘日本本土核爆的影像，极其珍贵的影像仅此一部。
由于核爆偏离市中心区三公里，再加上有山脉遮蔽。除了港湾地区不受遮蔽外，尽管核爆威力比广岛大，但是市中心损失较小。可是核爆中心浦上地区，依然遭到毁灭性摧残。当初广岛核爆后，有部分人员被疏散到长崎浦上地区，真是雪上加霜。
这些在广岛幸免于难的人员，再次遭到核打击。这种恐怖的场面再次出现，据说这部分人当中没有死的，大部分人精神出了问题。可谓是双重受难，令人仰天长叹这些倍受摧残的可怜人。
浦上地区被轰炸的惨状，和广岛不差上下。位于核爆中心有一座浦上天主教堂，当时正在举行弥撒，爆炸的热线迅速杀死了神父和教徒，整个浦上天主教堂几乎夷为平地，甚至找不到幸免于难者的完整尸体。另外美方没有料到，当时长崎关押了部分英国和荷兰战俘。这些战俘不同程度染上核辐射，后来都相继死去。
要说广岛原子弹爆炸震动了日本朝野，惊吓了日本人。可是日本政府可以封锁广岛消息，不至于让日本民众知晓，可是长崎的核爆，就像死神的瘟疫迅速在日本列岛扩散。其势头一发不可收拾。日本底层民众乃至政府最后的底线崩溃了。
就在美军二次打击的当天，台湾北部最大的城市台北，一群将官汇聚在一起感受这震惊的时刻。目前谭震率领远征军移师台湾，菲律宾交到美军手里。第六兵团攻占台湾后，李宗仁、白崇禧率领兵团司令部进驻台北。目前两支部队聚集台北，并使台北变成了庞大的兵营。
此时，谭震、粟裕、陈赓、赵亮、黛安澜、孙立人等作为远征军主将为一方，以李宗仁、白崇禧、岳霖等为一方，双方的军服泾渭分明、区别明显，可是他们的面目表情却共同洋溢着兴奋的喜悦。每个人心里都清楚，对日本第二次核打击成功，意为着日本最后投降已成定局。
“李司令官，美国人原子弹的强大威力，必然会摧毁日本人最后的抵抗意志，看样子远征军的使命结束了。如果不出意外，我们很快就会撤回大陆北调。”李宗仁赞同说：“谭司令官说的没错，现在我们可以放心的对付苏联了。我想我们兵团也很快会北调。”
白崇禧和粟裕也在交流：“粟参谋长，我猜测总部对苏没有任何准备，有可能是麻痹苏方，把苏联人放进来打！我们两大兵团不动，也许是这个目的。”粟裕说：“穆副总司令让我们来到台湾，表面是摆开登陆日本本土的架势，其实是给美国人看的。现在看来目的是对付苏联人······。”
陈赓和岳霖当初都屡属西北第一兵团，他们之间十分熟悉。目前陈赓已经升任远征军副司令，但仍然兼任远征军第一军军长。“陈副司令，你估计我们能在北线什么地方设防？”岳霖三句话不离本行，现在伴随核爆炸降临日本国土，苏联问题迅速浮出水面。
陈赓说：“中苏之间爆发战争在所难免，我们是军人，只要一声令下我们就开赴前线。岳军长，京津地区空虚，设防在所难免。但是我们两大兵团不可能全部担任防御。”“你的意思是说我们第六兵团善于防御，防御作战不可避免！”“这只是我的猜测，远征军擅长进攻作战，主动防御恐怕我们的分量重一些！”二人无形之中开始探讨作战问题了。
此时黛安澜、孙立人也和第6兵团的将官相熟的，在一起热烈交谈，气氛其乐融融。每个人都在发表自己的评论。“李司令官，日后美国人恐怕要翘尾巴了，以我对美国人的了解，我们的盟友在原子弹的撑腰下，恐怕不好相处了！”谭震话题又转向核爆方面。
李宗仁沉吟一下说：“即便美国人没有爆炸原子弹，日后中美之间也会产生摩擦。这就是中西文化的差异，换句话说美国人骨子里是蔑视我们的。尤其是中国日益强大，日后这样的局面不意外。正像穆副总司令说的那样，国与国之间，没有永恒的朋友，只有永恒的利益。”应该说李宗仁确实具备政治家的潜质，三言两语便彰显出卓越一面。