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临晨三时，第一潜艇部队，伊9号、伊15号、伊17号、伊25号四艘潜艇，偷偷进入考爱琴海峡，并靠近瓦湖岛西侧海岸。根据南云中一司令官的命令，4艘潜艇搭载两个中队的日军突击部队，在瓦湖岛西部偷偷上岸，然后向珍珠港方向前进。按照作战计划，日军突击部队要在第一批次空袭后，突击部队展开行动，迅速抢占福特岛飞机场，并对大部队登陆作战创造条件。
临晨三点三十分，两个中队的日军突击部队乘坐橡皮艇，快速向岸边前进。坦率说美国人在岸边根本没有警戒部队，高枕无忧的美国人甚至在岸边连岗哨也没有，其实美国人也没有必要在岸边设置岗哨。一个小时后，日军的突击部队消失在岸上，就好象什么也没有发生。
四艘潜艇释放出突击部队后迅速下潜，然后沿着海岸线向南、东南迂回。他们要接应第二潜艇部队7艘潜艇。登陆舰队在重巡洋舰、战列舰及驱除舰的掩护下，在瓦湖岛南部偷偷向珍珠港靠拢。
登陆舰队汇合提前来的第二、第三潜艇大队。然后第二潜艇大队7艘潜艇搭载一个大队日军的第二登陆突击队，在珍珠港东南方伺机待命。空袭开始后，迅速登陆并对甘希姆机场发动攻击。日军最担心是福特岛的惠勒机场和东部毗邻的甘希姆机场上的飞机的威胁。一旦这两座机场被占领，日军航母就会放心大胆的向珍珠港靠拢，并近距离支援登陆作战。
第一、第二潜艇和第三潜艇舰队，除了对珍珠港内可能出来的战舰实施拦截作战和封锁任务，但是组主要的任务是并配合大型运输舰登陆作战。同时保证登陆部队的安全。
特别攻击舰队下辖，5艘攻击潜艇，并各自携带5艘袖珍潜艇，袖珍潜艇的任务是偷袭开始后，趁着美军混乱潜入军港内，在水下对美军的舰艇发射鱼雷进行攻击。另外根据作战需要，伊10号潜艇负责侦查斐济、萨摩亚群岛，伊26号潜艇负责对阿留申群岛实施侦查和警戒。日本海军指定的偷袭攻占计划，每个细节几乎都想到了堪称完美。
第一航空战队由南云直接指挥，第二航空战队由山口多闻少将指挥，第三航空战队由原中一少将指挥。整个航母舰队作战飞机358架，其中零式战斗机78架，九七式鱼雷轰炸机145架，九九式俯冲轰炸机135架，其他的为侦察机.
临晨三时，南云最后接到东京大本营的攻击命令，同时他也接到了联合舰队司令官三本五十六的命令：“皇国兴废，系于此战，各官兵必要尽其责，鞠躬尽瘁！临晨四点他接到潜伏在珍珠港间谍的最后资讯，珍珠港内目前停泊着企业号航空母舰，列克星敦号航母，军港内停泊9艘战列舰，三艘巡洋舰，驱除舰25艘。船坞内停泊巡洋舰4艘、战列舰3艘，显然船坞内的战舰正在经行正常维修。另外港内没有设置鱼雷安全网和放空气球，夏威夷也没有任何紧急广播。
其实在4时左右出现了意外，一艘日军的袖珍侦查潜艇在檀香山港前暴露，美军的扫雷艇秃鹰号发现了一个潜望镜，随后驱除舰华德号发动攻击投下深水炸弹。接着华德号立刻向海军总部报告此事，可是并未引起重视。
瓦湖岛正北150公里，南运中一率领航母攻击舰队到达攻击位置。实际上在230公里，航母舰载机已经进入有效攻击位置。但是日军为了攻占夏威夷群岛，因此必须进入更加有效的攻击距离。当南云中一接到突击登陆分队已经上岛，支援登陆部队已经靠近瓦湖岛时，他命令舰队进入攻击准备。
凌晨5时，各航空母舰的甲板上发出巨大的轰鸣，第一批攻击飞机开始云集。第一批次攻击动用189架作战飞机，其中55架九七式鱼雷攻击机，作为水平轰炸机，携带1760磅重穿甲弹，重点对付美军的航母及大型战舰。九七式鱼雷攻击机指挥官是渊田美津雄，攻击分4个机队。
为了有效攻击，41架九七式鱼雷攻击机，装备九七式鱼雷，专门对付战舰。九七式鱼雷轰炸机为第一小组，他们的目标就是航空母舰和大型水面战舰。南云中一命令，对于船坞里面的大型战舰不许攻击，他的意图非常明显，那就是要完整的俘获这些战舰为己所用。
第二攻击小组为51架九九式俯冲轰炸机，并携带550磅航空炸弹，目标是各机场上的停驻的飞机，其主要目标是惠勒机场和甘希姆机场。该小组指挥官为村田重治，分为4个机队。
第三攻击小组为43架零式战斗机，目标主要是各机场起飞的作战飞机，夺取制空权。该小组指挥官为板古茂。
此时天已经大亮，太阳还没有升起。夏威夷群岛还处在一片安静之中。岛上只有少数人起床，绝大部分人还处于休息状态。在美军奥帕纳雷达站两名值班的上等兵，5点35分左右，在屏幕上发现了有不明飞行物靠近瓦湖岛，俩人由于警惕性不高没有上报。
实际上两名值班士兵发现不明飞行物是南云派出的侦察机。不久，屏幕上突然出现了大批机群靠近，他们赶紧向联防指挥中心汇报，但是没有说明不明飞行物的规模。当时值班的泰勒中尉，在早些时候接到美国本土的报告，有12架从本土来的飞机，大约临晨到达。因此泰勒断定两名雷达兵发现的不明飞行物是b17轰炸机群。
渊田率领55架九七式鱼雷攻击机，率先赶到珍珠港上空，此时他们离开航母已经一个小时，他清醒判断美军仍然没有察觉，随即发出了攻击的命令。伴随渊田同步发出的虎！虎！虎！攻击命令，南云意识到偷袭成功，巨大的喜悦让他几乎陶醉。
渊田率领机群出现在珍珠港上空，向下观望，惊喜的发现，密密麻麻的战舰遍布军港。其实日本间谍的情报有误，此时停泊在港湾里的战舰有：8艘战列舰，8艘巡洋舰。38艘驱除舰，12艘潜艇，9艘布雷舰，18艘扫雷舰，1艘炮艇，12艘鱼雷艇。三艘补给舰三艘油轮。
渊田看到这一切热血沸腾，他率先进入攻击位置，其它战机也同样进入位置。根据作战需要，每两架为一攻击组合。首先他们对准了企业号航母，伴随轰炸机特有的啸音，渊田清楚的看见，企业号航母上人员混乱成一团，伴随两颗穿甲炸弹准切的落到企业号中部甲板上，接着发出两声沉闷的爆炸，企业号中部甲板顿时沸腾起来，一股浓烈的硝烟直冲云天。
几分钟后，企业号航母又被击中两枚重磅炸弹，整个烟雾顿时把企业号航母笼罩。此时列克星敦号航母更倒霉，一开始一枚重磅炸弹便击中了船尾，并引起了舰载机机身上的炸弹爆炸，很快船尾被炸成一团。接着又有两枚重磅炸弹落到中部，恰巧一枚穿甲弹引爆了弹药库，伴随一声惊天动地猛烈的爆炸，整个列克星敦号航母被炸的从水面上跳了起来。
很快列克星敦号航母，从中部开始断裂，迅速搁浅。列克星敦号航母的厄运，波及了距离最近的两艘驱除舰，只见驱除舰被爆炸的水浪吹的侧翻，接着在海浪作用下翻了下去，海面上顿时飘满了杂物和在水里挣扎的水兵。
企业号航母毕竟皮糟肉厚，经受了几枚重磅炸弹，竟然歪歪斜斜的发动起来。这时惊慌失措的美军驱除舰醒转过来，他们开始混乱的组织对空射击，主动的保护航空母舰。此时，美军加利福尼亚州号战列舰，已经中了两枚重磅炸弹，尤其是一枚重磅炸弹击中了船尾螺旋桨，致使加利福尼亚战舰无法启动，停在原地成为活靶子。
而战列舰亚利桑那号损失更为惨重，有一枚重磅穿甲炸弹直接进入锅炉房，接着引爆了弹药库，爆炸过后亚利桑那号战列舰侧翻，接着船底显露出来。此时，珍珠港乱了套，除少量驱除舰保护企业号航母外，其他水面战舰纷纷夺路而逃乱成一团。
渊源率领机群发动攻击不久，村田重治率领第二梯队也加入战团，战果继续扩大。第二组高桥赫一率领九九式轰炸机分别对甘希姆机场和福特岛惠勒机场展开空袭。而甘希姆机场是重点轰炸目标，因为甘希姆机场主要是美军的轰炸机驻防。
高桥命令20架轰炸机袭击惠勒机场，由他率领31架轰炸机袭击甘希姆机场。当高桥赫一率领机群出现在甘希姆机场上空时，发现一排排飞机整齐的排列，顿时高兴的心花怒放。当时机场上停放着12架空中堡垒b17轰炸机，顿时成为固定靶子。
而惠勒机场停放着战斗机和侦察机，日军轰炸机对机场的袭击更是得心应手，伴随航空炸弹准确的投弹，美军的飞机眼看着成为一堆堆废铁。不久担任掩护、控制制空权的日军战斗机，由于没有任何对手，便协助轰炸机开始对飞机场展开攻击。
此时，你若在空中观看珍珠港全貌，你会看见珍珠港完全笼罩在浓烟和火海中。无论是军港和岸上，到处都是混乱不堪，所有人对来自天上的攻击不知道发生了什么事情。6点58分，在空袭爆发20分钟后，一名少校向军港内发布广播消息：珍珠港遭到空袭，这不是演习。7点20分，此消息被太平洋舰队司令部发出。
即便日军的轰炸机群出现在珍珠港上空，依然没有引起高度的警觉。因为时常有美军的飞机从本土飞来，这样的情况经常发生，尤其是进入本年度以来，美军的飞机在大清早吵闹已经司空见惯，因此给日军的偷袭成功创造了绝佳条件。珍珠港开始颤抖！
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